Update over mijn specifieke situatie… Ik had nog steeds bestanden in mijn /var/discourse/shared/standalone/uploads, ook al was ik overgeschakeld op S3 voor opslag. Zodra ik de ‘default’-directory in die uploads-directory had verwijderd, heb ik een nieuwe back-up gemaakt en deze is succesvol aangemaakt, alleen de database (…sql.gz).
Om een of andere reden (in mijn geval) als er bestanden in die directory staan, negeert het de instelling om uploads niet mee te nemen in de back-up en maakt ze toch aan.
Laat het me weten als er meer informatie of verduidelijking nodig is voor mijn situatie. Het lijkt erop dat het misschien iets anders is dan de situatie van de OP.
Hoe dan ook, ik heb het probleem kunnen omzeilen en kan nu succesvol herstellen.