עדכנתי ידנית את הקובץ plugin-utilities.php כדי לקרוא מ-categories.json ולא מ-site.json, ואז עדכנתי כדי לוודא שהוא קורא את אובייקט ה-JSON הנכון (ב-site.json, קטגוריות הן ברמה ראשונה, וב-categories.json הן ברמה שנייה).
עם זאת, יש לי 49 קטגוריות ורק 33 מוצגות גם ב-categories.json.
אז לעת עתה, פשוט הוספתי ידנית את הקטגוריה היחידה שרציתי והייתה חסרה.
עדיין לא בטוח אם זו בעיה של max_category_nesting=3, אבל גם אם לא, אני חושב שלקראת העתיד, בדיקה תקופתית של קטגוריות מ-categories.json על ידי wp-discourse עשויה להיות חלקה יותר.