Quantos? Dezenas, centenas, milhares de posts?
Se forem mais do que alguns, provavelmente faz sentido obter um script de importação para fazer isso. Se não forem tantos assim, provavelmente ainda faria sentido obter algum código para corrigir o markdown em vez de tentar editá-lo manualmente. (Uma solução ainda mais maluca seria ter um plugin para lidar com as edições do dokuwiki).