異常に高いCPU使用率

サポート インストール
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私の懸念は、今アップグレードしても、システムに既に存在する可能性のあるマルウェアを完全に取り除けないかもしれないということです。

新しいサーバーをセットアップし、そこで Discourse をインストールしてテストすることを引き続きお勧めします。すべて順調であれば、その後移行して一度に問題を解決できます。