Peço desculpas, já resolvi.
sudo -u discourse limpa o ambiente. Usar a flag -E mantém o ambiente normal, e nesse caso sudo -E -u discourse RAILS_ENV=production bundle exec rails runner 'puts "YJIT enabled: #{RubyVM::YJIT.enabled?}"; puts RUBY_DESCRIPTION' retorna
YJIT enabled: true
ruby 3.4.7 (2025-10-08 revision 7a5688e2a2) +YJIT +PRISM [x86_64-linux]
Apenas com o modelo adicionado.
Peço desculpas por ter desperdiçado seu tempo e marquei sua resposta como a solução. Desculpe pelo ocorrido. Obrigado por investigar e por ter se dado ao trabalho de responder.