Eu honestamente não sei o que poderia ter causado esses tópicos a perderem seus registros de topic_embed.
Mas, olhando para o quadro geral, não faria mais sentido seguir com a configuração que sugeri anteriormente? Se adicionarmos uma caixa de seleção diretamente nas configurações da categoria para aplicar noindex a todos os tópicos dentro dela, não teríamos que depender do recurso de incorporação ou nos preocupar se esses registros existem ou não.