Entendo que o que aconteceu foram suas tentativas repetidas de gerar credenciais, o que atingiu os limites de taxa do Let’s Encrypt. Isso não é o mesmo que ‘SSL bloqueou meu domínio’.
Você pode sempre usar outro provedor de certificados SSL (pago) ou esperar a liberação desse limite. Trata-se de manter o serviço (gratuito) disponível para todos.