@Faizan_Zahid さん、申し訳ありませんが、そのタイトルはもう少し良くできると思います。もしかして「Discourse」ではなく「プラグイン」をおっしゃりたいのでしょうか？私は、サーバーから Discourse を削除する機能を求めている人だと思っていたくらいです 
再構築を行わずにプラグインをインストール/アンインストールしたいとのことですね。残念ながら、それは現時点では不可能のようです 
再構築が必要になった際のダウンタイムを最小限に抑えたいというご要望は理解できます。これは最近も話題になったトピックです：「ゼロダウンタイム」設定に関するヘルプ（しかし、本来あるべき方向には進みませんでした）。
ここで必要なのは、おそらく 2 つの Web コンテナをセットアップする方法に関する丁寧なチュートリアル と、その活用方法についての説明でしょう。これが最も効率的な設定（おそらく最も複雑な設定でもあります）のようです。私はそのようなチュートリアルを作成するだけの知識が不足していますが、もし持っていれば作成していたでしょう。ご興味のある方はおられないでしょうか？