O problema é que os ~~ no final não estão separados do link. Pode ser difícil decidir se eles fazem parte do link ou do formato.
__https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1__ também não funciona __https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1__
Você pode usar um destes em vez disso
[s] https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1 [/s]
<s>https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1 </s>