管理者アカウントのセキュリティのベストプラクティスは?

それは正しくありません。ユーザー名でもログインできます。

2FA は、パスワードを盗まれた人がそれを再利用するのを防ぎますが、あなたのコンピュータにマルウェアが入っていないことが前提です。

最悪の場合でも、サーバーへの SSH アクセスは残っているため、そこからアクセス権を復元できます。