Não tenho certeza do que está causando isso, mas parece que provavelmente está relacionado a Themeable site settings are now available
Qual tema você está usando? Como essas configurações para o tema são configuradas?
Acho que se você tiver campo de busca no cabeçalho do site definido e este componente instalado, você acabará no estado que descreve, onde a busca está apenas no banner e não aparece no cabeçalho… isso parece preciso?