Este é um fenômeno muito estranho para mim: Tags usadas apenas em categorias não públicas não são exibidas na visão geral de tags, mesmo que você tenha acesso à categoria, a menos que seja um administrador (ou talvez um moderador). Isso me parece um bug.
Verifique as permissões de tags. É possível criar tags que podem ser usadas apenas por determinados grupos. Quase certamente não é um bug. Veja Admin guide to tags in Discourse
As tags em categorias privadas ficam ocultas para usuários normais da página de tags por padrão.
Talvez você queira alterar a configuração do site incluir categorias seguras nas contagens de tags
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Minha expectativa seria que as contagens dependessem apenas dos privilégios de acesso dos usuários.
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Estou movendo isso para o recurso, agora é por design. Pode ser possível fazer uma alteração aqui, mas a lógica de cache que precisaríamos adicionar é enorme, não podemos nos dar ao luxo de processar milhões de tópicos toda vez que você acessa a página de tags, então precisaríamos ter algum tipo de cache de contagens por grupo de usuários, o que seria muito para armazenar e atualizar.
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Por outro lado, os moderadores podem ver a contagem global, incluindo categorias às quais não têm acesso, mesmo que esta caixa esteja desmarcada.