Es gibt eine Site-Einstellung disable_tags_edit_notifications (und disable_category_edit_notifications), die du aktivieren kannst, wenn du viele Tags/Kategorien änderst. Hast du diese schon ausprobiert?
Ich glaube, das neue Modal für das Massen-Tagging hat auch ein Kontrollkästchen, ob Benutzer benachrichtigt werden sollen. Hast du das verwendet und wurden die Benutzer trotzdem benachrichtigt?
