Em um tema, você provavelmente poderia fazer isso adicionando uma configuração que salva no localStorage, a desvantagem sendo que os usuários teriam que alterar a preferência em cada navegador que usam.
Você poderia ter vários temas, mas isso se tornaria complicado se você quiser oferecer mais temas que mudam estilos além da fonte.
Um plugin seria um pouco mais complicado, mas provavelmente seria a maneira mais integrada de fazer isso, porque você poderia adicionar configurações reais em vez de depender do armazenamento do navegador ou ter muitos temas.