HTML を使用してこれを実現できるようになったと思います。
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Watch Word の置換とリンクの各オプションで「HTML を置換として出力する」を選択できるようになりました。
Markdown はまだサポートされていませんが、これも機能リクエストだと思うので、こちらに移動します。
