HTML を使用してこれを実現できると思います：
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
「置換とリンク」の各「監視ワード」のオプションとして、「置換時に HTML を出力する」を選択できるようになりました。
Markdown はまだサポートされていませんが、これも #contribute:機能リクエスト の範疇だと思いますので、こちらに引き継ぎます。:＋1: