Acho que você pode conseguir isso usando HTML agora:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Agora você pode selecionar «Saída HTML na substituição» como uma opção para cada Palavra Observada em Substituir e Linkar.
O Markdown ainda não é suportado, mas acho que isso é mais uma #contribute:solicitação de recurso também, então vou passar isso adiante. 