Acho que você pode conseguir isso usando HTML agora:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Agora você pode selecionar ‘Outputs HTML in the replacement’ como uma opção para cada Palavra Observada em Replace and Link.
O Markdown ainda não é suportado, mas acho que isso também é mais uma solicitação de Feature, então vou mover isso. 
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