Alguma forma de definir a orientação no manifest.webmanifest para retrato?

Você pode querer ler a história sobre este tópico de alguma forma controverso:

As pessoas sempre reclamam, então não definimos mais nada. Se você quer que seu telefone não gire, pode bloquear a rotação no botão de acesso rápido do Android na bandeja de notificações.

Dito isso, se você ainda quiser alterar o manifesto do seu site, precisará criar um plugin.