É assim que o Docker funciona: os arquivos reais estão dentro de um contêiner Docker e, portanto, ficam “invisíveis” ao usar o FileZilla.
Se você quiser testar modificações no Discourse, como plugins e temas, não será possível fazer isso em uma instalação de produção.
Para temas, consulte Beginner's guide to using Discourse Themes
Para plugins, consulte Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin