O paradigma é muito diferente das aplicações PHP dos anos 90, onde era normal editar arquivos em servidores de produção usando FTP.
As alterações no comportamento do Discourse devem ser projetos separados, hospedados em um repositório git próprio, e devem utilizar as APIs de plugins e temas existentes.
Então, digamos que você queira adicionar um campo extra ao compositor de tópicos, onde o usuário poderá inserir sua cor preferida. Você criará um novo plugin do Discourse seguindo Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin, depois o colocará no GitHub em um repositório chamado discourse-favorite-color e o instalará em sua instância usando Install plugins on a self-hosted site