Posso pensar em um milhão de razões. Talvez você não queira que todos os nomes de host apareçam no mesmo certificado para todos verem. Talvez os certificados não venham todos do LE. Talvez você não queira que todas as renovações falhem se um único registro A apontar na direção errada.
O motivo mais importante para minha observação foi garantir que o SAN não seja visto como um requisito obrigatório.