問題は、各既読通知に個別の背景色が設定されており、それもオーバーライドする必要がある点です。これは他の変更に加えて役立つはずです。
.user-menu .quick-access-panel .read {
background: transparent;
}
検索入力欄も同様で、そこに個別に背景色が適用されているため、それを削除する必要があります。
.search-menu .search-input, .search-menu-container .search-input {
background: transparent;
}
こうしたCSSの変更を行う方法を段階的に説明するガイドがありますので、参考になるかもしれません。Making custom CSS changes on your site