それらはアルファベット順（色ごと：最初にブロンズ、次にシルバー、最後にゴールド）になっていると思います。
バッジがアルファベット順になっているのはバグではないと思います。アルファベット順が最良の位置決めにつながらないケースに関する他のトピックがいくつかあります。例：Very teeny tiny minor issue with the default badge ordering と Badge order doesn't make sense
CSS（Trust levels order exhibition in the badges page - #3 by awesomerobot