Acho que estão em ordem alfabética (por cor: bronze primeiro, depois prata, finalmente ouro).
Não acho que seja um bug que os selos estejam ordenados alfabeticamente. Existem outros tópicos sobre casos em que a ordem alfabética não leva ao melhor posicionamento, como Very teeny tiny minor issue with the default badge ordering e Badge order doesn't make sense.
Acho que você pode mudar a ordem com CSS (Trust levels order exhibition in the badges page - #3 by awesomerobot) ou usar a sugestão de adicionar números na frente personalizando o texto.