O chat do Discourse também foi mesclado ao core e ainda aparece na sua lista de plugins. Como Jay disse, isso é normal.
A mesclagem do chat me atrapalhou, pois perdi o anúncio informando que ele estava incluído no core e tentei instalá-lo. Não recomendado, mas foi um conserto fácil, pois apenas o removi do meu app.yml, já que a segunda instalação fez com que o site não fosse reconstruído.