Ah, sim, com comentários incorporados em JS, consigo ver os comentários em um Discourse privado quando estou logado no Discourse, no entanto, não consigo vê-los se não estiver logado no Discourse, veja:
Inversamente, com os comentários do WP Discourse, consigo ver as respostas de uma instância privada mesmo que eu não esteja logado nessa instância privada ou nem mesmo seja um membro dela.
Atualmente, configurei meu site Discourse para exigir login e, ainda assim, quero que usuários públicos e não-Discourse vejam os comentários no site WP, então o método WP parece funcionar melhor por enquanto.
Se eu quiser permitir que apenas membros do Discourse os vejam ou decidir remover a opção de login obrigatório, provavelmente usarei a incorporação de JS porque gosto da funcionalidade adicional que ela oferece pronta para uso.