Ja, Sie können mit App.yml Sicherungskopien erstellen und diese nach Bedarf benennen.
Wenn Sie einen bestimmten Abschnitt ändern, können Sie auch Kommentare hinzufügen. Ich selbst habe als Self-Hosted-Nutzer meine Plugins nach offiziellen, Pavilion und anderen organisiert. Ich füge beim Installieren eines neuen Plugins im entsprechenden Abschnitt einen Kommentar hinzu.
Andere haben vielleicht bessere Ideen als meine.