Você pode essencialmente fazer a mesma coisa: crie seu próprio componente de tema e adicione-o como filho ao seu tema base (obtido via git). Assim, você pode atualizar o tema do git conforme necessário sem impactar seu trabalho personalizado no componente.
Essa é a maneira mais simples; você pode estar duplicando algum CSS, mas provavelmente não em quantidade incontrolável.
Mais sobre temas e componentes: Beginner's guide to using Discourse Themes