Se um usuário estiver respondendo de um endereço diferente daquele para o qual o e-mail foi enviado, isso é esperado.
Se permitíssemos respostas a esses e-mails de outro endereço, estaríamos abrindo as contas para abuso via e-mail, com outras pessoas se passando por um usuário. Enfrentamos esse problema às vezes em nossas próprias mensagens de suporte aqui no meta.
Se formulários de contato por e-mail estiverem em uso, eles geralmente enviam de um e-mail e definem o cabeçalho Reply-To, o que significa que estamos enfrentando o mesmo problema mencionado acima.
Não tenho certeza de uma ótima solução para isso pessoalmente — talvez alguém mais da equipe tenha uma ideia.