記憶が正しければ、docked クラスはヘッダーに追加される追加コンテンツ（テーマの Header セクション内）のために用意されたものです。Header にテキスト行を追加すると、クラスが予想通り表示/非表示になるのを確認できます。
したがって、カスタムヘッダーコンテンツをお持ちでない限り、ヘッダーはスクロール時にドックされ、その状態が永続的に維持されます。
かつて（4 年以上前と記憶していますが）、ページ上部でヘッダーのドックを解除したことがありました。しかし、その変更は後退（リグレッション）として扱われ、長い間見落とされていました。その後、そのリグレッションを採用することを決定しました。
おそらく改善は可能ですが、現在の挙動では、初めてスクロールした際にわずかな「ポップ」が発生します（これを確認するにはハードリフレッシュが必要です）。ただし、既存のヘッダーのカスタマイズ（非常に多数存在します）を壊さないように非常に慎重に対応する必要があります。IE11 のサポートを終了するまで少し待ってから、position: fixed の代わりに position: sticky; を使用するなど、より本格的な改善を検討するのが妥当かもしれません。