Bootstrap / 再構築は、すべてを再度クローンせずに可能ですか?

それはgit clonesではなく、NPMパッケージレジストリからのインストールであるべきです。確かに、NPM/Yarn用のbundle config mirror.https://rubygems.org https://gems.ruby-china.com/に相当するものがあるはずです。