プラグイン作者です！
は
cat.custom_fields[:suppress_category_from_latest] = true
であるべきですが…これらの値はクラス変数にもキャッシュされています。これに対処する最も簡単な方法は、カテゴリも save! することです（こちら を参照）。
したがって、これは機能します
Category.all.each do |cat|
cat.custom_fields[:suppress_category_from_latest] = true
cat.save_custom_fields(true)
cat.save!
end