Ich betreibe seit etwa zwei Jahren einen Multisite-Server und hatte noch nie ein Plugin, das nur wegen Multisite kaputtgegangen ist.
Einige Vorbehalte: Ich betreibe ihn für Staging-Themes, nicht für die Produktion. Daher komme ich wahrscheinlich nicht in die Feinheiten jedes Plugins. Außerdem habe ich den Data Explorer nie auf zusätzlichen Instanzen verwendet. Allerdings baue ich häufig um und habe eine ganze Liste von wechselnden Plugins.