私は約2年間マルチサイトサーバーを実行していますが、マルチサイトが原因でプラグインが壊れたことは一度もありません。
いくつか注意点があります。本番環境ではなくステージングテーマ用に実行しているため、各プラグインの詳細までは把握していない可能性があります。また、追加インスタンスでData Explorerを使用したこともありません。しかし、頻繁に再構築しており、プラグインの変更リストはかなり長いです。
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