Estou executando um servidor multisite há cerca de dois anos e nunca tive um plugin quebrando apenas por causa do multisite.
Algumas ressalvas: eu o executo para temas de staging, não para produção. Portanto, provavelmente não entro nos detalhes de cada plugin. Também nunca usei o Data Explorer em instâncias adicionais. No entanto, eu reconstruo com frequência e tenho uma lista considerável de plugins em constante mudança.