Entendi. O URL do site principal também é armazenado no banco de dados? Então não é uma questão de configuração de instância local? Nesse caso, ficaria claro que ambas as instâncias ainda tentariam servir a mesma coisa.
E você está certo de que a configuração de dois servidores ainda não ajuda o Discourse a escolher o tema certo.
Agora me lembro que haveria um problema com o conteúdo também. Se você colar um link no Discourse, ele postará o URL inteiro nele. Assim, alguém lendo um tópico criado pelo outro site seria direcionado a ele ao clicar em um link. O mesmo com uploads, veja Uploads Path Should Update When URL Changes in app.yml During Container Rebuild.
Outro problema poderiam ser os e-mails? De qual domínio iriam os e-mails de notificação? Outro problema – plugins sociais (Facebook etc.) ou login do Google redirecionariam para um site errado (ou talvez recusem o login).