Vindo de um lugar inesperado, uma solução muito mais simples seria ter uma única instância com 2 categorias - uma para cada um dos sites pais. Isso contornaria todos os problemas mencionados acima.
Há muito espaço para estilizar categorias e tópicos dentro dessa categoria por meio de CSS simples usando a classe category-category_slug.
Se você quiser tornar um ou outro o “padrão” ou a página inicial para um conjunto de usuários, então Custom Homepage for Groups seria a ferramenta que você precisa.