同じデータベース上で複数のエンジン（Discourseのインストール）を実行できると推測します（そのため、別のデータベースが必要です）。ただし、sidekiqは1つだけ実行することをお勧めします。そうしないと、2つがジョブの奪い合いを始める可能性があります。それ以外は、Discourseはステートレスアプリケーションなので、いくつ実行しても問題ないはずです。
さて、問題の根本に関する質問ですが、なぜですか？そして、それはSEOルールに違反しないのでしょうか？Googleは、同じコンテンツが複数のサイトで見つかることを嫌うと思います。