Bem-vindo Daniel! 
Eu não conheço o Pendo, mas se for apenas um trecho de JavaScript que precisa ser adicionado, você deve conseguir adicioná-lo no painel de administração do seu Discourse:
Personalizar → Temas (ou Componentes, que pode ser mais prático para criar um novo se o seu fórum tiver vários temas) → Editar CSS/HTML → aba Head.
Me diga se o Pendo precisa de mais do que isso 