Isso mesmo. O Discourse não sabe nem se importa onde o Docker armazena os arquivos.
Você não precisa manter o Discourse em /var/discourse, a menos que sofra um acidente e alguém precise ajudar no futuro — e essa pessoa vai gastar bastante tempo procurando onde você o colocou.
Você pode colocar ambos em qualquer volume que preferir (novamente, nem o Docker nem o Discourse sabem realmente em qual volume estão).