CLIから非推奨のテーマコンポーネントを削除できません - ブートストラップに失敗しました

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停止中のコンテナに対して cleanup が何を行うか確信はありませんが、単に ./launcher start app を実行し、問題の原因となっているものを無効にする（https://your.domain/admin/customize/themes で）のはどうでしょうか？

app.yml 内のプラグインのことをおっしゃっているのでしょうか？