S3へのアップロード移行ができません

はい、app.yml に記述し、アプリを再構築しました。
新しくアップロードされたファイルがそこへ行っていることを確認しました。

正確には違います。以下の環境変数を使用しています。

  AWS_REQUEST_CHECKSUM_CALCULATION: WHEN_REQUIRED
  AWS_RESPONSE_CHECKSUM_VALIDATION: WHEN_REQUIRED

これらにより、設定変更後に新しいファイルをアップロードできなかった問題が解決しました。