ただし、「Instead of」ではありません：.panel-body はすべてのパネルボディを対象とするクラスですが、.hamburger-panel はハンバーガーパネル自体を対象としています。
したがって、コアのどの部分が変更されて以前のコードが機能しなくなったのかはわかりません。しかし、ハンバーガーメニューからすべてのサブカテゴリを非表示にしたいのであれば、これが最も直接的な方法だと思われます。
.hamburger-panel .category-link.subcategory {
display: none;
}