同意します。既存のものを上書きするのは確かに面倒です。多数のテーマは以下の場所でハイライト対応されています:
カスタムテーマを使えば、サイト独自の外観を確かに実現できます:
@Johani 公式リポジトリの CSS を取得し、変換して私たちの CSS と連携させる方法を説明する howto を作成すべきではないでしょうか?