Ok, a solução do @Falco funcionou, mas precisei fazer de forma indireta.
- Fiz um fork do repositório original
- Clonei-o localmente na minha máquina de desenvolvimento
- Criei minha branch a partir do commit desejado
git branch foo ec64ae8
- Enviei essa branch para o meu GitHub
git push -u origin foo
- Atualizei meu app.yml com
git clone -b foo git@github.com:my-repo.git
Parece que deveria haver uma maneira mais fácil, mas isso resolve o problema. Obrigado pela orientação, @Falco!