Certo… acho que descobri o que está acontecendo. A contagem de penalidades só parece aparecer quando o usuário está no nível de confiança 2… e, suspeito, apenas se a suspensão for permitida expirar. Se você remover manualmente a suspensão, o contador não é incrementado, então não há nada para limpar.
O contador em si é falho, no entanto. Se você remover manualmente a suspensão de um usuário, ele não é incrementado, mas também não aparece como uma “suspensão removida” no log. Além disso, testei isso suspendendo manualmente, depois removendo a suspensão de um usuário várias vezes antes de limpar a contagem de penalidades na terceira ou quarta suspensão. Isso marcou retroativamente todas as suspensões anteriores em minha conta de teste como “removidas” e acabou dando à minha conta uma contagem de penalidades negativa.
Observe que isso também tornou a conta inelegível para upgrade de nível de confiança:
Portanto, parece que, embora o que minha pergunta inicial abordou possa ser um comportamento esperado, ainda pode haver algumas falhas no mecanismo de contagem.

