よくわかりませんが、アップロード用のS3互換オブジェクトストレージプロバイダーの設定方法](Configure an S3 compatible object storage provider for uploads)で説明されているように、S3の設定をENV変数に入れることをお勧めします。データベースの設定でバックアップを復元するのに苦労する可能性が高いです。
また、app.ymlに設定があり、S3にバックアップがある場合は、新しいサーバーをセットアップしてデータベースを復元するために必要なのはYMLファイルだけです。
可能であれば、この問題が発生しているトピックを共有すると、何が起こっているのかを確認しようとしている人に、より多くの情報を提供できます。サイトが公開されている場合、隠す必要があるのはキーだけですが、それらはすでに隠されています。