私もオブジェクトストア（minio）を設定しているがCDNがないという同じ状況です。これはサポートされるユースケースでしょうか？
これまでのテストで確認したところ、問題があるのは markdown-it-bundle jsファイルのみで、URLが間違っています - DISCOURSE_HOSTNAME/DISCOURSE_S3_CDN_URL/assets/markdown-it-bundle-HASH.br.js
これはバグのようです。DISCOURSE_CDN_URL 変数を設定しても、DISCOURSE_HOSTNAME/DISCOURSE_CDN_URL/assets/markdown-it-bundle-HASH.br.js の形式で間違ったURLを指します。
実際には DISCOURSE_S3_CDN_URL/assets/markdown-it-bundle-HASH.br.js を指すべきです。
他のjsアセットは正しいURLを指しています。
おっしゃることから、まだ特定できていない他の問題も発生するだろうと推測します。何か問題が発生する可能性について、もう少し詳しい情報をいただけますか？
私の理解が正しければ、jsアセットはオブジェクトストアにあり、スタイルシートはCDNにあるべきです。CDNがない場合、スタイルシートは通常通りアプリから配信されますか？（私の見たところ、そうなっています）
ご協力ありがとうございます。