Dependendo do que você precisa modificar, acho que a melhor solução seria usar um PluginOutlet para injetar seu código personalizado, ou um PluginOutlet Wrapper para substituir/mostrar condicionalmente a implementação principal. (Você pode enviar um PR para adicionar um outlet se ele não estiver disponível)
Se você realmente quiser usar modifyClass, ainda será possível, é apenas que o modal agora é um componente e está aninhado em components/modal, então você o acessaria assim:
api.modifyClass("component:modal/poll-ui-builder", {
pluginId: "your-custom-plugin-id",
// insira código personalizado
});