Minha recomendação geral aqui é que, como autor de um plugin, você sempre adicione índices em uma migração para impor corretamente a restrição. Na verdade, a maioria dos plugins que escrevemos atualmente evita campos personalizados, a menos que sejam absolutamente necessários, e prefere usar tabelas personalizadas, que são muito mais fáceis de analisar.
Neste caso específico, você precisa de um índice assim:
create unique index idxStartEvent on topic_custom_fields(topic_id) where name = 'start_event'
Não tenho certeza do que mais precisaríamos fazer no núcleo aqui. Já consideramos uma reformulação dos campos personalizados, mas estamos um pouco preocupados com isso. Uma coisa que estou considerando é simplesmente remover o suporte a arrays dos campos personalizados, pois eles têm causado enormes quantidades de problemas ao longo dos anos.