Você já pode manipular a ordem com muita facilidade com algumas linhas de CSS, já que usamos a propriedade flex.
Exemplo:
-
Ordem padrão

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Ordem personalizada

Exemplo de CSS:
.custom-header-links li {
&:nth-child(1) {
order: 3;
background: red;
}
&:nth-child(2) {
order: 1;
background: green;
}
&:nth-child(3) {
order: 2;
background: yellow;
}
}

